Чешский легионер, майор Ярослав Кратохвил так описывал допрос и суд над Шпачеком: «В тюрьме он не опускал головы. На вопросы отвечал слишком ясно и прямо, это легко выводило допрашивавших из себя».
В роще Шпачеку зачитали приговор. Подвели к берёзе, накинули на сук петлю и выбили из-под ног подставку. Однако сук обломился, и герой упал на землю. Евжена Константиновича подняли и попытались повешать вторично, но обломился и новый сук.
Солдаты думали, что осуждённого помилуют. Офицеры же не захотели избавить от смерти храбреца.
Шпачек поднялся с земли, посмотрел на своих палачей и с презрением сказал: «Сволочи, даже повесить не можете!» Потом сам показал солдатам самый крепкий сук. Евжен Шпачек погиб за Советскую власть 19 июля 1918 года.
Три дня военный комендант станции Иннокентьевской не разрешал снять труп. И только через три дня рабочие депо сняли тело героя и захоронили на скитском кладбище.
Когда в Иркутске была восстановлена Советская власть, рабочие депо на сосне, на которой был повешен революционер, прибили табличку. На ней было написано: «Шпачек Евгений Константинович, машинист депо Иркутск II. Казнён на этом дереве за большевизм 19.07.18 г. 34-х лет».
Его жизнь и смерть являются примером беззаветного служения народу, делу революции.